В общем, думаю не надо объяснять, что онлайн сервисы по склейке PDF — это мягко говоря небезопасно. Украдут все ваши секретные документы.
Посему надо клеить все на локалке. Ну и желательно в опен-сурсовом ПО. И вот есть оно.. встречайте: PDFSam
Годнейший софт, проверено.