Сколько я в свое время намучался с обновлением Joomla… Обновлять приходилось несколько запущенных и забитых троянами сайтов с Joomla 1.0.x до 1.5, потом до 2.5. Зачастую делалось это все полу-автоматическом режиме — когда сайты были слишком большими. Это был тихий ужас — ехали кодировки, вылезало дикое количество ошибок в БД. Сейчас все, слава богам, все проще — есть специализированные компоненты, да и джумла сама себя обновлять научилась. Как раз недавно обновлял Joomla с 2.5 до 3.x. В дефолтном режиме не все получилось, в итоге использовал естественно бесплатный компонент redCOMPONENT. Вообще без сучка без задоринки.
Основные проблемы при обновлении Joomla:
1) не делают бекап. Без комментариев.
Кто не сделал бекап — тот устроил факап
(с) Николай Компьютерщик
2) пытаются обновлять сайт на локалке на ненастроенном сервере.
Друзья! Ваш сайт на профессиональном хостинге «сидит» на оптимально настроенном сервере. Когда вы ставите Denwer, XAMPP или какой-нибудь EasyPHP — они идут в штатных настройках. С дикой вероятностью ваш сайт откажется обновляться, если вы не подкрутите конфиги пхп, апача и проч.
Мораль: не умеешь настраивать локальный сервер — обновляйся на хостинге
3) Третий пункт вытекает из второго. Не обновляйте сайт на живца, сделайте новую БД, тестовый поддомен и делайте ваши черные дела там.
4) Перед обновлением — чистим кеш сайта. Удаляем из корзины всякую чушь, черновики старых статьей, неиспользуемые сторонние модули и проч. В общем, приводим сайт в порядок.
5) Не забудьте обновить chmod, htaccess, посмотреть сайт в режиме показа ошибок (php_value error_reporting 1 в этом самом htaccess).